A kutatóközpont egyszemélyi felelős vezetője a főigazgató. A főigazgató és az egyes szervezeti egységek között, valamint a szervezeti egységeken belül a feladatkörök és hatáskörök a kutatóközpont Szervezeti és működési szabályzatában foglaltak szerint decentralizáltak.

A Természettudományi kutatóközpont főigazgatója:
Dr. Buday László

A kutatóközpont szervezeti egységei a tudományos intézetek, a kutatócsoportok és a kutatómunka feltételeit biztosító egyéb szervezeti egységek.

TOVÁBBI KÖZPONTI SZERVEZETI EGYSÉGEK

Főigazgatóság
Gazdasági Igazgatóság

AZ IRÁNYÍTÁSBAN ÉS A DÖNTÉSHOZATALBAN RÉSZTVEVŐ TESTÜLETEK:

Az Igazgatótanács:
Az Igazgatótanács a kutatóközpont főigazgatójának döntés-előkészítő és tanácsadó testületé, amely ülésein minden, a kutatóközpontot érintő fontosabb kérdésben véleményt nyilváníthat, és javaslatot tehet. A főigazgató az ülésen elhangzottak alapján önállóan dönt a hatáskörébe tartozó kérdésekben.

A Kutatóközponti Tudományos Tanácsa:
Kutatóközponti Tudományos Tanács a főigazgató tanácsadó szerve, amely a főigazgató egyszemélyi felelősségének érintetlenül hagyásával véleményt nyilvánít, és javaslatot tesz a kutatóközpont tudományos kutatási tevékenységével kapcsolatos lényeges kérdésekben.

A Külső Tanácsadó Testület:
A kutatóközpont munkáját és felügyeletét külső tanácsadó testület segíti. A testület a hazai és külföldi tudományos közösségek tekintélyes tagjaiból áll. A testület létszámát, összetételét és működését az MTA Alapszabálya határozza meg, működésére az MTA Ügyrendjében, illetve a testület saját ügyrendjében foglaltak irányadók. Tagjainak felkéréséről és felmentéséről az MTA elnöke gondoskodik, az MTA Alapszabályában rögzített eljárás alapján. A KTT figyelemmel kíséri a kutatóközpont munkáját, tanácsaival segíti terveinek kialakítását, rendszeresen közreműködik a kutatóközpont munkájának elemzésében, értékelésében.