Fő kutatási témák
1. Fő kutatási témánk a rosszindulatú tumoros betegek túlélését befolyásoló génexpresszió és mutáció alapú egy- vagy multigénes markerek azonosítása. Ezen kiértékelésekhez az interneten keresztül elérhető rendszereket fejlesztünk, amelyek automatizált módon futtatják le a kívánt elemzéseket. Nemzetközi kollaborációkban veszünk részt a bioinformatikailag azonosított prognosztikus mintázatok validálására.
2. Onkológiai kezelésben alkalmazott célzott terápiás szerekkel szembeni rezisztencia biomarkereinek azonosítása. A kutatás során elsősorban sejtkultúrás modelleket alkalmazva egyes célzott géneket kikapcsolunk, és ezután azt vizsgáljuk, hogy a kemo- és célzott terápiás gyógyszerekkel szembeni érzékenységet tudtuk-e változtatni.
3. Genotípus összekapcsolása klinikai kimenettel. A projekt keretében a TCGA konzorcium által generált következőgenerációs szekvenálási adatokat dolgozunk fel. Ennek eredményeképpen több ezer beteg tumorának meg fogjuk határozni a mutációs állapotát és a génexpresszió szintjét valamennyi gén esetében. A kétféle adat összekapcsolásával azt tudjuk vizsgálni, hogy egy-egy genotípusbeli eltérés milyen klinikai következményekkel jár.
4. “A kutatásokat támogatja az NKFIH (2018-2.1.17-TET-KR-00001 és KH-129581 pályázatok).
Saját fejlesztések:
KM-plotter: https://kmplot.com/analysis/
ROC Plotter: http://www.rocplot.org/
muTarget: https://www.mutarget.com/
Recurrence Online: http://www.recurrenceonline.com/
Genotype 2 Outcome: http://www.g-2-o.com/
Scientometrics: https://www.scientometrics.org/
COVIDoutcome: https://www.covidoutcome.com/
TNMplot: https://tnmplot.com/analysis/
Aktuális együttműködések
- Igor Roninson, University of South Carolina, USA
- Saraswati Sukumar, John Hopkins, Baltimore, USA
- Pusztai Lajos, Yale Cancer Center, New Haven, USA
- Sophia Chernikova, Stanford University, USA
- Yatrik Shah, University of Michigan, USA
- Mathieu Lupien, University of Toronto, Kanada
- Libero Santarpia, Humanitas Clinical and Research Center, Olaszország
- Reinhold Schäfer, Charité Berlin, Németország
- Jan Budczies, Charité Berlin, Németország
- Thomas Karn, University of Frankfurt, Németország
- Irina Nazarenko, University of Freiburg, Németország
- Antonio Postigo, ICREA, Spanyolország
- Luca Magnani, Imperial College, London, UK
- Michael Lisanti, University of Manchester, UK
- Simak Ali, Imperial College, London, UK
- Michel Aguet, EPFL, Lausanne, Svájc
- Casanova Emilio, Medical University of Vienna, Ausztria
- Baharia Mograbi, University of Nice-Sophia Antipolis, Franciaország
- Pascale Cohen, University of Lyon, Franciaország
- Khalid Khabar, King Faisal Research Centre, Riyadh, Szaúd-Arábia
- Takayuki Iwamoto, Okayama University, Japán
- Yong Han, Peking University, Kína
Oktatási tevékenység
- PhD témavezetés: Semmelweis Egyetem Patológiai Tudományok Doktori Iskola
- Graduális oktatás: Patológia @ Semmelweis Egyetem
- Graduális oktatás: Gyermekgyógyászat @ Semmelweis Egyetem
- Graduális oktatás: Bioinformatika @ Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar
- Posztgraduális oktatás: Tumorprogresszió és előrejelzése @ Semmelweis Egyetem Doktori Iskola
- Posztgraduális oktatás: Bioinformatika @ Semmelweis Egyetem Doktori Iskola
Saját honlap
Publikációk
Vezető
Név | Telefonszám | Csoport | Iroda |
Dr. Győrffy Balázs | +361-382-6722 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | D3.11A |
Munkatársak
Név | Telefonszám | Csoport | Iroda |
Dr. Menyhárt Otilia | +361-382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Dr. Munkácsy Gyöngyi | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Dr. Bartha Áron | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Müller Dalma | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Kovács Szonja Anna | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Fekete János Tibor | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |
Kovács Csaba Zsolt | +361/382-6745 | Onkológiai Biomarker Kutatócsoport | É3.10A |